通常化学清洗应设计为手动运行，因为这个过程需要一定的操作人员的介入。操作人员的任务有：判定清洗的效果，设定浸泡和循环的具体时间，以及采用特定的有效的清洗药剂。这些操作也可以设定成自控系统，由一系列的自动阀门，采用预定的程序化的动作控制整个清洗的操作流程，这样可以减少操作人员的工作量。这种情况一般适用于很大水量的系统，即自动化系统具有更大的重要性。实施自动的化学清洗时，操作人员关注的重点在于确保化学清洗动作实施之前清洗槽内备有正确的清洗药液。化学清洗的废液可缓缓送回到系统上游，以减少化学废液排放量。